Река Искър е най-дългата вътрешна река на територията на Р България. По протежението й могат да се разграничат три характерни участъка, формирани с оглед на природните фактори /релеф, климат, води и др./ и стопанското им развитие. Това определено е оказало своето влияние върху използването на водните ресурси и състоянието на речните екосистеми. Тези участъци са:

Водните ресурси на р.Искър в този участък се използват за: енергопроизводство от каскада Искър и Рилската каскада, за питейно-битово и промишлено водоснабдяване с определящата роля на Софийската водоснабдителна система, за напояване на Източно и Западно Софийските напоителни полета и за рекреация. В този участък е изграден най-големият язовир в страната – яз. Искър.Той се намира в експлоатация 43 години. В частта от яз. Искър до бент Панчарево е на лице промяна на речните екосистеми, поради изменение на условията в речното корито от течащи води в стоящи водоеми. Водните количества под изградените язовирни стени се формират от пропуските на затворните органи.Те са за яз. Искър 150 l/s, а под бент Панчарево практически не се изпускат води независимо от определените 400 l/s. Под яз.Огняново на р. Лесновска и под яз. Бели Иксър на р. Бели Искър размерът на водните количества е около 40 l/s.

На територията на Софийското поле има 8 баластриери със значителни водни площи и обеми, които се използват за водоснабдяване на Кремиковци и за рекреация.

Витошките притоци на р.Искър се използват за питейно водоснабдяване в Софийската водоснабдителна система. В чертите на града те формират градските реки. За подобряване на състоянието им в столичния град, където са изключително високо натоварени със замърсяващи вещества, от 1998г. са изключени като водоизточници и е прекратено отнемането на води от тях. Това отговаря и на изискванията съгласно статута на НП”Витоша”. Поради обезводняването на р.Искър под бент Панчарево и постъпването на замърсяващи вещества в тази част на реката са формирани отделни блатисти локви и са на лице неблагоприятни условия на живот за много от речните организми.

Река Искър над гр. Самоков е слабо повлияна от антропогенно въздействие и водите и са чисти. От гр. Самоков до гр. Нови Искър изпитва най-значимо антропогенно натоварване, както по отношение на обезводняване на речните течения, така и по отношение на замърсяване на водите.

В този участък реката и речните екосистеми са под влияние на постъпващите замърсяващи вещества от горния участък. Наблюдения върху речните екосистеми има от 1956 г. В по-голямата част от периода след 1956 г. реката е силно замърсена от битови и индустриални отпадъчни води.

След включване в експлоатация на Софийската пречиствателна станция за отпадъчни води настъпва определена промяна в реката, която се изразява в подобряване на качеството на протичащите повърхностни води. През целия период на наблюдение р. Батулийска е чиста, но нейното влияние се чувства едва в последните години като елемент на незначително подобряване на състоянието на р.Искър.

Използването на водните ресурси в този участък на р.Искър е основно за напояване в НС Бяла Слатина. Напояването се извършва както от помпено подадени води от реката, така и от водохващания и малки язовири в поречието.

Промените в речните екосистеми в поречието на р. Искър са в резултат както на обезводняване, така и на постъпване на замърсяващи вещества.